中科大瞿昆团队开发非编码RNA新技术发现新长链非编码RNA

全基因组相关研讨标明，许多疾病易理性区域坐落基因组的非蛋白质编码区域。非编码RNA（noncoding RNA，ncRNA），即转录，但不翻译成蛋白质的RNA。近年来的研讨标明，非编码RNA在生命调控、疾病发作开展等进程中扮演着重要人物。比方经典的XIST、HOTAIR、MALAT1，经过结合在染色质上，调控基因转录等活动。

跟着高通量测序技能的开展，中国科学技能大学微标准物质科学国家研讨中心瞿昆课题组已判定并注释了数十万条非编码RNA，但是绝大部分非编码RNA的功用尚不明晰，一起非编码RNA与染色质结合的机理也有待进一步讨论。

近来，中国科学技能大学微标准物质科学国家研讨中心、生命科学与医学部、中科院天然免疫与缓慢疾病要点实验室瞿昆教授课题组先后在Genome Biology和Genome Research发文，宣布了实验室在非编码RNA范畴的重要研讨成果。

2019年12月20日，瞿昆课题组和美国斯坦福大学医学院Howard. Y. Chang教授课题组以及中国科学院先进技能研讨院组成所的马晴副研讨员协作，开发了名为PIRCh-seq的组学检测技能。

该技能能精密判定染色质上不同表观遗传状况结合的非编码RNA，相关研讨成果以PIRCh-seq: functional classification of non-codingRNAs associated with distinct histone modifications为题，在线宣布于Genome Biology杂志，本研讨判定了一系列和染色质互作的功用性非编码RNA，而且体系性的研讨了染色质和非编码RNA的结合形式，为进一步提醒非编码RNA同染色质结合的生物学含义，及其对基因表达的调控机制供给了新的办法和思路。

该研讨开发的PIRCh-seq(Profiling Interacting RNAs on Chromatin)，可使用不同组蛋白抗体，或激活/按捺型组蛋白润饰抗体，如H3、H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3等，富集结合在对应区域上的非编码RNA，之后使用高通量测序技能，一次性完成对数百条染色质结合非编码RNA的定性和定量分析。

2019年12月23日，瞿昆教授课题组和美国加州大学圣地亚哥分校Bryan K. Sun教授课题组协作，使用CRISPRi(CRISPR interference)技能，猜测了10个具有显著性差异并或许具有功用的长链非编码RNA。经过进一步验证和挑选，发现RP11-611E13.2,新命名为PRANCR(progenitor renewal-associated noncodingRNA)这一新式长链非编码RNA能够调控角化细胞增殖，调理细胞周期和克隆增生，一起该基因的缺失则会导致表皮分层受损，并损坏表皮体系稳态。

研讨成果以A genome-wide long noncoding RNA CRISPRi screenidentifies PRANCR as a novel regulator of epidermal homeostasis为题，在线宣布于Genome Research杂志。

现在这是首个经过CRISPRi技能在全基因组层面挑选表皮体系中功用性长链非编码RNA的作业，体系性地判定了在保持表皮稳态进程中也或许起作用的长链非编码RNA，为深化了解表皮细胞增殖和分解以及表皮稳态等生物学进程供给了根底。

论文链接：

2. https://genome.cshlp.org/content/early/2019/12/23/gr.251561.119.full.pdf+html

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